稻田種養的成敗，與管理有很大關系。管理除嚴格按稻田養殖和種稻的技術規范實施外，每天需要通過巡田及時掌握稻、養殖動物生長情況，并針對性地采取管理措施。特別是在大雨、暴雨時候要防止漫田；
檢查進、出水口攔漁設施功能是否完好；檢查田埂是否完整，是否有人畜損壞，有無黃鱔、龍蝦洞漏水、逃逸；有無鼠害、鳥害，并及時采取補救措施。一般在傳統稻田養殖的區域，已形成公共秩序，管理較為單純；而新區則較為復雜，往往需通過技術與行政措施相結合才能奏效。為了便于管理，以成片、成大片開展稻田種養有利于管理。此外，當稻田中放養的苗種密度較大、產量較高（投餌型）時，會有疾病發生。
要做好預防，即定期對漁溝、漁溜利用殺蟲劑、殺菌劑消毒，以清潔水質。發現漁病對癥治療，由于稻田水不深，溝、溜水體小，需慎重用藥，注意藥性，嚴控藥量和妥善施用，以求既能防治漁病，又不致使養殖動物中毒死亡。